Saat itu, BJ Habibie juga datang ke Al-Zaytun untuk meresmikan ponpes tersebut. 

Setelahnya, Hendropriyono mengaku tidak pernah mengetahui lagi bagaimana kelanjutan Al-Zaytun.

Sampai kemudian, pada masa pemerintahan Presiden ke-5 Megawati Soekarnoputri, Hendropriyono diminta untuk menggantikan Ketua Umum PDIP itu menghadiri peletakkan batu pertama untuk gedung pembelajaran. 

Saat itu Hendropriyono menjabat sebagai Kepala BIN.

"Saya pun pergi ke sana lewat darat, untuk meletakkan batu pertama gedung pembelajaran yang namanya gedung Doktor Ir Soekarno, saat itu pertama kali saya kenalan dengan Panji Gumilang," jelasnya.

Dia melihat ponpes Al-Zaytun saat itu merupakan ponpes yang cukup modern. 

Menurutnya, secara ideologi politik, tidak ada masalah dengan ponpes Al-Zaytun.