Didakwa pada 2016, satu tahun berselang usai persidangan, ia dijatuhi hukuman 5 tahun penjara di Pengadilan Tindak Pidana Korupsi Jakarta pada 14 Juni 2017. 

Selain itu juga diharuskan bayar denda Rp 300 juta subsider 3 bulan kurungan penjara. 

Dalam surat dakwaan, Brotoseno menerima uang dengan total Rp 1,9 miliar dalam kasus tersebut. 

Kemudian juga menerima 5 tiket pesawat Batik Air kelas bisnis seharga Rp 10 juta atas permintaannya sendiri.

Brotoseno didakwa bersama beberapa orang lain, yaitu penyidik Dittipikor Bareskrim Polri Dedy Setiawan Yunus, serta 2 pihak swasta yaitu Harris Arthur Hedar dan Lexi Mailowa Budiman.

Brotoseno menerima uang dari Harris selaku advokat Jawa Pos Group untuk mengurus penundaan panggilan pemeriksaan terhadap Dahlan Iskan yang sedianya diperiksa dalam kasus dugaan tindak pidana korupsi cetak sawah di daerah Ketapang.

Setelah dapatkan vonis 5 tahun penjara, Brotoseno dapatkan bebas bersyarat dari Kementerian Hukum dan HAM (Kemenkumham).

Ia kemudian bebas pada 15 Februari 2020.

Masih aktif di kepolisian 

Informasi Brotoseno masih aktif di kepolisian adalah benar dan bukan hoaks.