Antara Indonesia dan Malaysia sama-sama memasukkan pulau ini ke dalam batas wilayah kekuasaan.
Sengketa pun terus bergulir hingga pada 1998, masalah sengketa Pulau Sipadan dibawa ke Mahkamah Internasional.
Dari putusan sengketa, Malaysia dinyatakan menang atas kepemilikan Pulau Sipadan.
2. Pulau Ligitan
Bernasib sama dengan Pulau Sipadan, Pulau Ligitan juga termasuk pulau yang disengketakan antara Indonesia dan Malaysia.
Pulau yang memiliki luas 7,9 hektar ini terletak di ujung timur laut Pulau Kalimantan.
Dalam putusan Mahkamah Internasional, Pulau Ligitan menjadi hak milik Negara Malaysia.
Kini, pulau itu menjadi salah satu destinasi wisata di negeri jiran yang cukup banyak menarik perhatian wisatawan.
3. Pulau Atauro
